Прошла тысяча лет с тех пор, как Солнечная система уничтожила неизвестную расу Гауна. Это гигантские, практически неявные твари, а не разум. Выжившее человечество Земли убежало из Солнечной системы на космических кораблях «Сидония», которые позволили сохраниться человеческому роду. Путешествуя в пространстве и спасаясь от появления инопланетных существ, люди научились создавать пилотируемые механизмы для своей защиты.

Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ осуществлялась в рамках проекта космического корабля. После его обнаружения у него появился талант к управлению боевыми механизмами, и он начал обучаться пилотированию. Теперь он и его коллеги-пилоты ведут тяжелую и опасную войну против Гауна, борясь за выживание человечества.