События развивались в Японии во второй половине XIX века, спустя несколько лет после реставрации Мэйдзи, когда страна отказалась от своего феодального прошлого и перешла в эпоху индустриализации во главе с императором. Бывший легендарный наемный убийца Химура Кэнсин становится воином, помогающим странным случайным людям, подразумевая искупить свои грехи. Однажды в Токио он встретил молодую Камию Каору, владелицу маленького додзе, которая спасает от дерзких бандитов и хочет построить нейромантические отношения.