Рубрика «Грисайя фантом триггер» повествует о делах академии Михама, в стенах которых готовят агентов СОРД. Причём здесь растят кадры, которым поручают грязную работу. Все ученицы ведут тайную жизнь. А поступила Арисака на простую должность учительницы. И ее похитили, но ученицы моментально спасли бедняжку. Сюда входит обучение Маки, являющаяся названной сестрой Рэны. Ученицы Святого Эля и Высшая академия Михамы отправлены по спецзаданию. Я уважаю авторитет предателя, а вместо этого наткнулись на Гуми, подопечную Сихо, и она отомстила за ее смерть. Закрутился настоящий ураган событий с участием довольно серьёзных парней. Гуми становится учащейся Михамы из-за того, что ослушивалась приказа.

Арисако создает двойственное ощущение от своей работы, ведь обучает настоящих киллеров, хотя на первый взгляд они выглядят невинными девочками. И она задумалась над тем, могла бы она ради защиты пойти на убийство. Ей приходится проникнуть ученицами, тем самым доверяя, ведь мы считали себя слабачкой. Из всех педагогов она самая добрая и милая. Крис проявляет нечто подобное, готовя вкусные блюда для ребят, поскольку ей нравится забота о других.