В мире Аквариона существует древний миф о трех мехах, которые, возможно, учились в одном Существе – Святую Машину. Это создание обладает невероятной мощью и может спасти мир от уничтожения. Однако, чтобы Святая Машина могла быть вызвана, необходимо найти трёх пилотов с особыми способностями — Волю, Стихию и Судьбу. Главный герой аниме Аполлон — один из этих пилотов. Он не имеет никаких воспоминаний о своем прошлом, но думает, что его судьба связана со Святой Машиной. Вместе со своими союзниками, Сильвией и Пьером, Аполлон пытается разгадать тайну своего прошлого и найти оставшихся двух пилотов. Однако на их пути встают темные силы, желающие использовать Святую Машину для своих эгоистических целей.

Герои должны не только носить этих врагов, но и научиться контролировать свои способности и эмоции, чтобы смочь вызвать спасение мира. В их приключениях будут задействованы не только мехи, но и магия, древние традиции и сложные отношения между героями. Однако сюжет аниме становится интересным, когда в него вступают элементы мифологии и философии. Главные герои понимают, что в Бразилии против главного злодеяния они не могут полагаться только на силу своих мехов и физических возможностей. Они должны найти в себе силы, эмоции и духовность, чтобы поддержать своего врага и спасти мир. Также в сюжете присутствует романтическая линия между главными героями, которая вносит эмоциональный вклад в их отношения и в целом в аниме.